La méthode déductive, parce qu'elle prend pour point de départ la pensée subjective du philosophe - déconnectée de toute relation avec l'expérience sensible -, finit toujours par rencontrer la contradiction du réel objectif - preuve, s'il en est, que cette méthode est incapable de nous conduire infailliblement à la vérité.
Nous avons vu combien Descartes s'était fourvoyé, en énonçant des propositions scientifiques à partir de sa conception mécaniste du monde [1]. Ce sont les faits qui ont contredit Descartes - mieux que ne l'auraient fait n'importe quel philosophe...
La logique voudrait donc que l'on renonce une bonne fois au raisonnement a priori, et que l'on parte des phénomènes pour en extraire la substance métaphysique - plutôt que d'enseigner doctement ce que devraient être les phénomènes au regard de la métaphysique du philosophe.
C'est à un renversement complet de perspective que l'histoire de la philosophie nous invite : partir non plus des opinions arbitraires du philosophe - mais du réel concret observé, scruté, analysé. C'est lui qui doit donner le "la" de la pensée humaine... non l'inverse.
Certains philosophes préconisent cependant une autre solution.
Si le réel objectif contredit la doctrine du philosophe, c'est certainement... que le réel objectif se trompe! CQFD. Il faut donc renoncer à son enseignement, pour le faire concorder avec la théorie du philosophe, préjugée vraie - puisque comme chacun sait, le philosophe ne peut pas se tromper...
C'est l'exemple fameux d'Ernst Haeckel (1834-1919), cité par Tresmontant.
Haeckel était "moniste" : il considérait l'univers comme le seul Être existant, l'Être absolu - il le voyait éternel, infini et illimité. Il ne supportait donc pas le second principe de la thermodynamique de Carnot-Clausius qui établit l'usure irreversible des phénomènes physiques (ce que l'on appelle l'entropie).
Pour Haeckel : "Si cette théorie de l'entropie était exacte, il faudrait qu'à cette fin du monde qu'on admet corresponde aussi un commencement (...)." - deux idées qui révulsent semblablement notre philosophe, qui a décidé que l'univers ne peut avoir de commencement ni de fin - puisqu'il est le seul Être existant, l'Être absolu. "Ces deux idées, d'après notre conception moniste et rigoureusement logique d'un processus éternel, sont aussi inadmissibles l'une que l'autre ; toutes deux sont en contradiction avec la loi de substance" inventée par notre "génial" penseur. La conclusion tombe alors comme le couperet de la guillotine : "Le monde n'a pas plus commencé qu'il ne finira. De même que l'univers est infini, de même il restera éternellement en mouvement. La seconde proposition de la théorie mécanique de la chaleur contredit la première et doit être sacrifiée" [2]!
Descartes avait eu l'humilité de reconnaître que la démonstration empirique de l'erreur de ses conclusions scientifiques - déduites de sa métaphysique a priori - signifierait l'écroulement complet de sa philosophie [1] ; Haeckel, lui, considère que les découvertes scientifiques doivent être "sacrifiées" dès lors qu'elles ne concordent pas avec sa "conception moniste" de la Substance...
Le plus fort dans tout cela, c'est que Haeckel était lui-même scientifique (professeur de zoologie à l'université de Iena)! 
Son raisonnement, schématiquement résumé, est le suivant : l'Être absolu ne peut pas avoir commencé puisqu'il est seul [3]; or, l'univers est l'Être absolu, puisque selon l'hypothèse moniste, il est le seul être existant ; donc l'univers ne peut pas avoir commencé : il se suffit à lui-même et ne doit son existence à personne. Pareillement : l'Être absolu ne peut pas s'user ni périr, puisqu'il est seul, sans commencement ni fin ; or, l'Univers physique est l'Être absolu puisqu'il est le seul Être (selon la conception moniste posée a priori) ; donc l'univers ne peut s'user, ni vieillir, ni périr...
Pour Haeckel, l'Univers doit revêtir tous les caractères de l'Être absolu, puisque l'Être absolu, il l'est - cela dit non en vertu d'une démonstration rigoureuse, mais d'un principe dogmatiquement proclamé, d'une hypothèse non critiquée. "Et lorsque Haeckel rencontre sur sa route des données expérimentales, celles qui ont été dégagées et formulées par Carnot, Clausius et d'autres, - données qui aboutissent à une vue d'ensemble, à une théorie générale que l'on appelle le second principe de la thermodynamique, - Haeckel déclare que cette découverte, ce principe, doivent être sacrifiés! Il faut donc sacrifier les données expérimentales à une métaphysique constituée a priori! C'est déjà ce que faisait Parménide. C'est ce que fera Spinoza lorsqu'il déclarera que la Nature est un système statique, ce qui est évidemment faux." [4]
Où l'on voit que non seulement la méthode déductive produit des résultats erronés, mais qu'elle conduit encore au dogmatisme, à l'idéologie, au déni du réel.
[1] Cf. notre article du 6 mai 2012, Les résultats de la méthode déductive (1) - Descartes
[2] Ernst Haeckel, in "Les énigmes de l'Univers" (1899) - cité par Claude Tresmontant, in Les métaphysiques principales, Françoix-Xavier de Guibert 1995, p. 154
[3] Il ne peut donc provenir d'un autre Être. Si l'Univers physique est le seul Être, il ne peut pas avoir commencé d'être, sauf à considérer qu'il ait pu jaillir spontanément du néant - ce qui n'est pas une pensée rationnelle.
[4] Claude Tresmontant, in Les métaphysiques principales, Françoix-Xavier de Guibert 1995, p. 154-155.
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